建議委托專業人士，根據你們的具體協議事項書寫比較穩妥。
醫療事故賠償協議書應當寫明以下內容：
1、了解患者基本情況；
2、了解醫療事故原因；
3、甲乙雙方共同認定的醫療事故等級；
4、確認賠償的數額；
5、確認賠償款給付的時間；
6、確認違約責任及解決方法；
7、最后簽字蓋章寫生效日期。
法律依據
《醫療事故處理條例》第五十一條
《醫療事故處理條例》第五十一條【醫療糾紛】：
參加醫療事故處理的患者近親屬所需交通費、誤工費、住宿費，參照本條例第五十條的有關規定計算，計算費用的人數不超過2人。
醫療事故造成患者死亡的，參加喪葬活動的患者的配偶和直系親屬所需交通費、誤工費、住宿費，參照本條例第五十條的有關規定計算，計算費用的人數不超過2人。
醫療事故鑒定需要走的程序有：
1、受理，醫鑒辦接到委托書后，進行審核并出具受理的通知書;
2、組成鑒定組后，醫鑒辦根據事故爭議所涉及的學科，確定專家鑒定組的構成與人數;
3、組織鑒定，醫鑒辦在召開鑒定會前1周內通知醫、患與鑒定專家三方。
4、鑒定組形成鑒定結論。
法律依據
《醫療事故處理條例》第三十四條
《醫療事故處理條例》第三十四條【醫療糾紛】：
醫療事故技術鑒定，可以收取鑒定費用。經鑒定，屬于醫療事故的，鑒定費用由醫療機構支付；不屬于醫療事故的，鑒定費用由提出醫療事故處理申請的一方支付。鑒定費用標準由省、自治區、直轄市人民政府價格主管部門會同同級財政部門、衛生行政部門規定。
《醫療事故處理條例》第二十條
《醫療事故處理條例》第二十條【醫療糾紛】：
衛生行政部門接到醫療機構關于重大醫療過失行為的報告或者醫療事故爭議當事人要求處理醫療事故爭議的申請后，對需要進行醫療事故技術鑒定的，應當交由負責醫療事故技術鑒定工作的醫學會組織鑒定；醫患雙方協商解決醫療事故爭議，需要進行醫療事故技術鑒定的，由雙方當事人共同委托負責醫療事故技術鑒定工作的醫學會組織鑒定。
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